投资协议是公司股东以出资设立、经营公司为目的，而在股东之间约定权利义务的文件。投资协议一般不是必备的法律文件，主要依据当事人的意思表示形成，作用在于确定公司的基本性质和结构，分配和协调股东之间的权利义务关系，其协议本质应属于合同，依法受我国《合同法》的规范和调整。

公司章程是指公司必须具备的、由发起设立公司的投资者制定的，并对公司、股东、经营管理人员具有约束力的、调整内部组织关系和经营行为的规则，属于我国《公司法》所规制的范围。公司章程除了对内具有约束力外，还具有涉他性，经公示后对公司外部相关主体具有一定的利害关系。

而在工商局备案阶段，公司为了符合工商局备案的要求，在章程中很多条款未进行约定或者与投资协议相冲突。

对于投资协议中与章程内容不一致或者相冲突的条款，后续股东发生争议应该以哪份文件为根据以及相关文件对外效力问题，司法判例与理论学说存在部分争议。

一般来说，公司章程制定在投资协议签订之后，此时经工商登记的公司章程应看作是股东以新的意思表示变更了原来的意思表示。但是，当有充分证据证明投资协议才是发起人的真实意思表示时，应以投资协议为准。对于主张投资协议效力的一方举证责任较大，且难度较高。

《山东省高级人民法院关于审理公司纠纷案件若干问题的意见（试行）》规定，“公司成立后，发起人协议或投资协议与公司章程规定不一致的，以公司章程规定为准。但发起人之间有特殊约定的除外。”因此，如果投资协议中的内容并未被纳入之后所订立的公司章程之中，且涉及以公司成立后的股东之间、股东与公司之间的权利义务关系为调整对象的，只要未违反法律的强制性规定或与公司章程的规定相冲突，对各投资股东依法具有约束力，投资协议并不因公司章程的制定而当然无效。实践中，在具体个案的司法诉讼中，两者具有不同的证明和适用对象。

对外而言，公司章程是对外公示的文件，而投资协议的内容一般不为外人所知悉，更多约束股东内部关系。对于公司以外的善意第三人而言，了解公司情况依据的是公司章程而不是投资协议。由此，调整公司与第三人之间的关系，应适用公司章程。

司法实践中，在投资协议与公司章程内容存在内容冲突时，司法机关主要结合协议内容、股东真实合意、权利义务履行情况等既有事实综合判断股东之间真实意思表示。

公司经营实践中，如果股东确有相关权利义务条款未在《公司章程》中明确或者股东投资协议中确实存在某些不便载入公司章程的约定内容，可以在《公司章程》签署之后，另行签署书面文件约定：工商备案章程仅作为备案之用，股东内部的权利义务以真实的投资协议为准。以上约定可以代表股东真实意思表示且共同达成合意，但不能对抗善意第三人，不具有对外公示效力。